L’origine franchement reconnue de son nom sous la forme « Sanctus Stéphanus » remonte à l’an 1143. Il était courant au Moyen-Age que le village prenne le nom de son église.
Le village a peut-être une origine plus ancienne puisque que le Mont-Berny recèle un site gallo-romain appelé « ville des Gaules » fouillé au XIXème siècle par Monsieur de Roucy. De nombreux objets : figurines, médailles de bronze, vases de terre, amphores, statuettes, coupes en bronze furent mis au jour. Certains sont encore visible au musée Vivenel de Compiègne.